Mózg osoby z Zespołem Aspergera działa w nieco inny sposób, niż u osoby neurotypowej. Pierwotną przyczyną jest działająca w niewydolny sposób komunikacja pomiędzy niektórymi ośrodkami w mózgu (za którą odpowiada tzw. pęczek łukowaty). Pochodną tego upośledzenia jest nadmiarowy rozwój tych ośrodków mózgu w wieku wczesno-dziecięcym, dzięki czemu są one w stanie przejąć (w ograniczonym stopniu) funkcjonalność sąsiednich obszarów, z którymi komunikacja jest akurat niemożliwa lub zbyt niewydolna. Dzieje się to przede wszystkim w 2-3 roku życia, gdy mózg dopiero się rozwija i „dostraja” do swoich indywidualnych możliwości biologicznych.

Efektem ubocznym wspomnianego procesu są rozmaite unikalne zdolności umysłowe, które dobrze zdiagnozowane i opanowane, potrafią takiej osobie zapewnić potężną przewagę umysłową (np. w pracy zawodowej) nad osobami neurotypowymi – prawie zawsze jest to jednak przewaga ściśle ograniczona do konkretnego sposobu myślenia (albo do kilku konkretnych z osobna) – np. zaawansowanej arytmetyki, albo umiejętności wizualizacji w głowie różnych zjawisk i procesów.

Najczęściej występuje również (choć nieco radziej ujawnia się w procesie terapeutycznym-socjalizacyjnym) zjawisko odklejenia od wartości i myślenia abstrakcyjnego (opartego na tzw. decentracji).

Przykład

Autor tego artykułu potrafi (dzięki świadomemu rozwojowi) zwizualizować sobie przepływ zdarzeń i danych w ramach procesu biznesowego na różnych poziomach i biegle „przełączać się” między tymi poziomami, widząc takie szczegóły jak natężenia przepływów, zależności, wąskie gardła itp. Dzięki temu jest w stanie projektować i rozwijać procesy biznesowe o dużo większej skali złożoności, niż osoby neurotypowe.